Universitas Negeri Yogyakarta merupakan salah satu lembaga pendidikan tinggi yang berperan besar dalam menyiapkan sumber daya di bidang pendidikan, oleh karena itu perlu adanya strategi pembangunan pendidikan nasional harus mengalami peningkatan baik itu kurikulum, sarana prasarana maupun system yang dapat menyempurnakan system pendidikan secara berkesinambungan. Dan untuk meningkatkan akuntabilitas serta pencitraan public internasional, Departemen Pendidikan nasional telah menetapkan bahwa setiap unit utama organisasi baik itu di pusat maupun daerah agar meraih sertifikat ISO 9001:2008 sebagai bukti pengakutan dunia internasional terhadap kebijakan tersebut. Mengacu pada ketetapan Departemen Pendidikan Nasional itu maka Fakultas MIPA Universitas Negeri Yogyakarta juga berupaya keras untuk menyesuaikan sertifikat ISO 9001:2000 menjadi ISO 9001:2008 agar dalam menyelenggarakan proses pendidikan dapat menperoleh pencitraan dan akuntabilitas yang baik dari masyarakat. Fakultas MIPA telah mengadopsi, merancang, menerapkan, memelihara dan menyempurnakan sistim manajemen mutu (SMM) secara kontinyu mengacu pada persyaratan standar ISO 9001:2008 dalam upaya untuk menyelenggarakan layanan FMIPA UNY yang berkualitas sesuai harapan pelanggan serta memenuhi aturan yang berlaku dalam bidang pendidikan dan pengajaran yang akan diaplikasikan pada kegiatan pendidikan dan pengajaran. Untuk itu pada Senin, 28 November 2011 di Ruang Seminar FMIPA UNY diselenggarakanlah Sosialisasi Perubahan ISO 9001:2008. Kegiatan ini dibuka oleh Dekan FMIPA Dr. Hartono dan dihadiri oleh segenap dosen dan laboran di lingkungan FMIPA. Materi tentang perubahan ISO disampaikan oleh Wakil Dekan II Dr. Heru Nurcahyo. “Pengelola ISO pada tingkat Fakultas adalah pimpinan puncak dalam hal ini dekan dan wakil manajemen” kata Heru. “Fakultas MIPA telah menetapkan dan memelihara prosedur sesuai SMM ISO 9001:2008 dengan hirarki pedoman mutu, prosedur, instruksi kerja dan rekaman mutu”. Dengan kegiatan sosialisasi ini diharapkan dosen dan laboran mengetahui tatakerja yang dibakukan oleh ISO 9001:2008 untuk diterapkan di unit kerja masing-masing.